Zgodnie z unormowaniem wynikającym z art. 18 ustawy o ROD, w przypadku likwidacji ogrodu na cel publiczny stosuje się przepisy ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami (art. 112-127) dotyczące wywłaszczania, z uwzględnieniem szczególnych warunków, dotyczących odtworzenia ROD i wypłaty odszkodowań, zapisanych w ustawie o ROD. Obejmie ona ogrody, których teren - zgodnie z planem zagospodarowania przestrzennego albo decyzją o ustaleniu lokalizacji inwestycji - przeznaczono pod cel publiczny, np. budowę szkoły, szpitala, cmentarza, budowę infrastruktury komunalnej, itp.

Postępowanie likwidacyjne ma charakter administracyjny i organem właściwym do wydania decyzji jest starosta. Specyfiką wywłaszczenia ROD jest to, iż decyzja wywłaszczeniowa - obok standardowych elementów - zawierać ma również dodatkowe postanowienia dotyczące wskazania nieruchomości zamiennej, zakresu obowiązków związanych z odtworzeniem ROD (wartości prac i terminu realizacji) oraz odszkodowań przypadających działkowcom. W przypadku likwidacji na cel publiczny możliwe będzie odstępstwo od zasady, iż działkowcy wydają nieruchomość dopiero z chwilą odtworzenia ROD - może być odroczone nawet o rok od dnia likwidacji.

Postępowanie wywłaszczeniowe zgodnie z art. 114 ustawy o gospodarce nieruchomościami poprzedzone jest rokowaniami prowadzonymi ze starostą o nabycie w drodze umowy prawa do nieruchomości. Gdy wywłaszczenie następuje na wniosek jednostki samorządu terytorialnego – rokowania prowadzi wójt, burmistrz lub prezydenta miasta – art. 114 ust. 2 ustawy o gospodarce nieruchomościami. Wszczęcie postępowania wywłaszczeniowego następuje po bezskutecznym upływie dwumiesięcznego terminu do zawarcia umowy o nabycie nieruchomości w związku z realizacją celu publicznego. Zatem gdy strony nie uzgodnią warunków likwidacji w procesie rokowań (zgodnych z ustawą o ROD) i gdy w wyznaczonym terminie nie podpiszą umowy na przeniesienie praw do nieruchomości, dopiero wtedy wszczynane jest postępowanie wywłaszczeniowe (art. 115 ustawy o gospodarce nieruchomościami).

W przypadku niektórych celów publicznych decydują tzw. specustawy, które regulują pozyskiwanie nieruchomości w sposób szczególny. Dotyczy to m.in. inwestycji drogowych i budowy infrastruktury przeciwpowodziowej. Odmienności te obejmują także likwidacje ROD, ale specustawy również gwarantują działkowcom prawo do odszkodowań oraz do odtworzenia ROD. W tych przypadkach nie obowiązują przepisy art. 18-24 ustawy o ROD, lecz unormowania zawarte w spec ustawach, które w przypadku likwidacji rodzinnych ogrodów działkowych nakładają na podmiot, w którego interesie następuje likwidacja ogrodu następujące obowiązki:

1) - wypłacenia członkom Polskiego Związku Działkowców - odszkodowań za stanowiące ich własność nasadzenia, urządzenia i obiekty znajdujące się na działkach,

2) - wypłacenia PZD - odszkodowań za stanowiące jego własność urządzenia, budynki i budowle rodzinnego ogrodu działkowego przeznaczone do wspólnego korzystania przez użytkujących działki i służące do zapewnienia funkcjonowania ogrodu,

3) - zapewnienia nieruchomości zamiennej na odtworzenie rodzinnego ogrodu działkowego.

Warunki te ustalane są w postępowaniu administracyjnym w drodze decyzji.